* Chương trình Cơ khí và Tự động hóa:
a) Nghiên cứu thiết kế, chế tạo máy, thiết bị:
- Phục vụ 04 ngành công nghiệp trọng yếu và 09 ngành dịch vụ;
- Thiết bị cơ giới hóa và tự động hóa cho phát triển nông nghiệp công nghệ cao, chăn nuôi và trồng trọt;
- Thiết bị, công nghệ phục vụ thu hoạch, bảo quản và chế biến sản phẩm nông sản.
- Trang thiết bị phục vụ kiểm nghiệm, chẩn đoán, điều trị cho ngành y tế và an toàn vệ sinh thực phẩm.
b) Ứng dụng Robot cho sản xuất công nghiệp; thiết kế, chế tạo Robot thay thế ngoại nhập; thiết kế, chế tạo hệ thống điều khiển tự động các quá trình sản xuất.
c) Nghiên cứu phát triển công nghệ gia công, chế tạo các chi tiết cơ khí và khuôn mẫu cho ngành công nghiệp hỗ trợ.
d) Nghiên cứu chuyển giao công nghệ, giải pháp nội địa hóa công nghệ chế tạo thiết bị, đặc biệt là lĩnh vực công nghệ năng lượng.

* Chương trình Điện- điện tử và Công nghệ thông tin:
Hoạt động nghiên cứu phát triển, ứng dụng và chuyển giao :
- Nghiên cứu, thiết kế, chế tạo vi mạch, các sản phẩm ứng dụng vi mạch.
- Công nghệ, kỹ thuật, ứng dụng khai thác dữ liệu lớn (big data);
- Công nghệ, kỹ thuật ứng dụng điện toán đám mây.
- Công nghệ, kỹ thuật, sản phẩm ứng dụng di động, IOT, ứng dụng công nghệ thông tin địa lý (GIS), viễn thám và các công nghệ liên quan. 
- Công nghệ, kỹ thuật, sản phẩm trong lĩnh vực an ninh thông tin.

* Chương trình Hóa dược, Công nghệ thực phẩm và Công nghệ vật liệu:
a) Nghiên cứu quy trình công nghệ:
- Bào chế thuốc và thực phẩm chức năng từ nguyên liệu trong nước;
- Sản xuất, chế biến tinh lương thực - thực phẩm không sử dụng chất phụ gia;
b) Nghiên cứu công nghệ chế tạo vật liệu:
- Vật liệu cao su kỹ thuật, cao su tổng hợp chuyên dụng, polymer, vật liệu mới tiên tiến, ...;
- Các loại pin nhiên liệu (fuel cell), tích trữ năng lượng, sản xuất nhiên liệu sinh học thế hệ thứ 2 và thứ 3.
c) Nghiên cứu chuyển giao, ứng dụng kỹ thuật, công nghệ mới.

* Chương trình Công nghệ Sinh học:
a) Nghiên cứu chuyển giao, ứng dụng công nghệ mới: công nghệ tế bào gốc, công nghệ gen, công nghệ nano, ...
b) Nghiên cứu kỹ thuật: tạo giống, nhân giống, bảo quản, chế biến, ... (trong lĩnh vực nông nghiệp); cấy mô, ghép tạng, ghép tủy, sinh học phân tử- di truyền, liệu pháp tế bào, chẩn đoán, ... (trong lĩnh vực y tế), ...
c) Nghiên cứu và sản xuất các loại kháng thể đơn dòng, vắc-xin thế hệ mới, kit chẩn đoán, dược sinh học, chế phẩm sinh học, ...

* Chương trình Quản lý và Phát triển đô thị:
a) Nghiên cứu, đề xuất cơ chế, chính sách, giải pháp và mô hình nâng cao chất lượng công tác quản lý, điều hành, cải cách hành chính.
b) Nghiên cứu, đề xuất cơ chế, chính sách, giải pháp, mô hình nâng cao chất lượng tăng trưởng, năng lực cạnh tranh của nền kinh tế Thành phố.
c) Nghiên cứu, đề xuất cơ chế, chính sách, giải pháp, mô hình nâng cao chất lượng công tác quy hoạch, quản lý và phát triển đô thị, hạ tầng kỹ thuật đô thị, bảo vệ môi trường, ứng phó với biến đổi khí hậu v.v. theo hướng phát triển đô thị thông minh, phát triển bền vững.

* Các lĩnh vực khoa học và công nghệ khác:
a) Nghiên cứu công nghệ, kỹ thuật, phương pháp và quy trình trong lĩnh vực điều trị và chăm sóc sức khỏe cộng đồng.
b) Nghiên cứu về cơ chế, chính sách, giải pháp, mô hình nâng cao chất lượng nguồn nhân lực, thúc đẩy hoạt động đổi mới sáng tạo, phát triển đời sống văn hóa.
c) Nghiên cứu phát triển công nghệ, chính sách, giải pháp, mô hình thúc đẩy phát triển quốc phòng – an ninh của Thành phố.
d) Các lĩnh vực nghiên cứu khoa học cơ bản khác.